Impulsar el desarrollo sostenible y competitivo del sector agropecuario peruano mediante la generación de investigación científica de alto nivel, la formación y capacitación técnica especializada, la transferencia de conocimiento, asesorías especializadas y la articulación interinstitucional, contribuyendo a la mejora de la productividad, la sostenibilidad y la calidad de vida de los agricultores, con énfasis en los sistemas productivos de la Amazonía, la costa y otras regiones estratégicas del país.

Ser una institución líder a nivel nacional y un referente internacional en investigación, innovación y transferencia tecnológica en ciencias agrarias, reconocida por su contribución al desarrollo de la agricultura en el Perú, la generación de conocimiento de impacto global y el fortalecimiento de sistemas productivos sostenibles que mejoren la competitividad del agro peruano en los mercados nacionales e internacionales.